Yeshayahou Leibowitz, avec ses positions anticonformistes, son franc-parler sur le judaïsme, et surtout sur l’armée et la politique d’Israël, s’était fait de nombreuses inimitiés dans les cercles religieux et non-religieux.
Ce sont surtout ses positions politiques qui le rendirent impopulaire : il fut en effet un ardent critique de la politique israélienne, tant dans le système de gouvernement (coalitions de partis…) que dans l’occupation de territoires arabes, arguant que « l’occupation détruit la moralité du conquérant ». Il soutenait d’ailleurs les objecteurs de conscience qui refusaient de servir dans les territoires occupés.